軍隊那邊則由中央統一實施管理，以軍機處、軍務處，軍勤處這三個直接向嬴子戈負責的部門為主統領。
軍機處，直接向嬴子戈負責，其中都是軍師謀主，分析天下形勢，部署調動軍隊進攻、防禦、駐守等都由他們來負責建議嬴子戈。軍務處，掌管軍法，部隊劃分，將領，士卒軍功的考核，職位的任免、升降、以及調動。軍勤處，負責後勤，糧草兵戈，戰馬甲蝟，以及將領士卒的餉銀放。
軍政雖然分離，但是卻統一行使爵位制相等的十四品制，以正一品為最高，從七品為最低。至於再低的正八品到從九品，則屬於不入流的官位，雖然為官，但是卻無爵，只能算是小吏。
至於最後的部門細化，實際上就是細化到個人，將整個大秦帝國的所有事務，無論軍政，統統都詳細的分到部門，甚至是部門中的小部門，乃至具體的官位或者是人的身上，責任追究亦是一視同仁。
總之，隨著百里奚、蒙毅等人一個接一個的看完了商鞅所書的這份名為奏章，實際上卻是強國富民，一統天下的通天大策以後，每個人的臉色都變的興奮起來，既是對商鞅大才的服氣，也是對未來大秦的憧憬。
“妙哉，妙哉，哈哈……”眾人尚且還沉醉以及思索、接受、吸收商鞅所書的種種新法中，並且考慮其會對大秦，對天下帶來的影響，還有會對他們個人帶來的影響的時候，一襲白衣的郭嘉已經悄悄的側身從一旁看完了這份商鞅奏章，當即一拍手掌，滿良喜意的對著嬴子戈恭喜道“嘉恭喜主公得此治國平天下之良策，商君不愧為古今法家第一人，嘉佩服！”
“郭大人謬讚了，鞅不過是得蒙主公以及諸位大人的遺惠，如無主公的智謀指引，如無諸位大人的盛秦五子法鋪墊，鞅縱然有通天之能，也不過就是作出那二十級軍功爵罷了！”商鞅眸子微微閃過，雖然心中同樣自豪，但是畢竟是死過一次，活出第二世的老狐狸，商鞅雖然變法之心不變，但是性格上特別是在面對君上和同僚的相處之道上，比之上一世，卻是要成熟圓滑了許多。
嬴子戈神色淡然的望著商鞅和郭嘉的交流，並不多做表態，同為絕頂文臣，雖然擅長的方面不同，可是嬴子戈相信他們知道怎麼相處。現在最重要的實際上還是商鞅的這個新法，雖然嬴子戈在復生商鞅重用的同時，將商鞅放到了自己特意修建的藏書閣三層中許久，無論是盛秦五子法還是自己記憶中那些未來的奇思妙想，絕頂智慧，他都隨意混亂的放入了其中，畢竟有很多知識，嬴子戈自身也是知其然而不知其所以然，之所以寫下來，放入其中，為的也不過是想要引起一些進入之人的智慧靈光，在智慧之火的碰撞下，產生更好的東西出來。
畢竟很多時候，如商鞅、郭嘉、百里奚這些人，缺的並不是智慧，而只是那一絲絲靈光和眼界見識，果不其然，商鞅這一次就給了嬴子戈極其的驚喜，千年智慧的火光和當世智者的碰撞，算是產生了一份讓嬴子戈興奮的成果。
說來也奇怪，無論是穿越融合時被各種能量改造過的嬴子戈，還是郭嘉、百里奚、賈詡、蒙毅、法正都可謂是當世智者，他們一起弄出來的盛秦五子法可以說已經達到了嬴子戈意料之外的驚喜效果，但是在商鞅這個同級別的智者面前，他們的心血卻只是成了一個讓商鞅開闊眼界，產生靈感的物件。卻也是讓嬴子戈不得不在心中暗暗的感嘆一句，術業有專攻，縱然同樣是為頂級智者，可是相比於專攻法家，變法強國之道的商鞅。無論是胸中藏甲百萬的鬼才郭奉孝，還是霸秦的百里子明，或者是上大夫蒙毅、未來謀主法正，千古毒士賈詡，還是缺了那麼一些東西，而這些東西卻格外重要。
想到這裡，嬴子戈不由好奇地深深看了商鞅一眼，心中暗暗慶幸，自己當初並沒有因為商鞅前世的最終遭遇而放棄復生，而是冒著失去一個絕世大才的機會，悍然將其復生，並且一點一滴的進行了引導，方才有今日的驚喜。
心中雖然驚喜，但自從擔任了秦王這個職位，成為了大秦復興的希望之主的嬴子戈，早就已經習慣了威嚴和喜怒不形於色的狀態，雖然驚喜，表面卻是不露聲色，微微一笑道“商君之能，之心，孤早就明瞭於心。此次商君為我大秦立下此不世之功，孤王更是會銘記於心。在此孤向你承諾，此次新法推行變動，依然全權由你負責，無論涉及到哪一方面，涉及到誰，其人都必須全心配合，如若不然，定斬不饒！”
說罷，嬴子戈思量了一下，站起身來，緩緩自腰間抽出了自己佩戴的玄鐵短刀，沉默了一下放到了商鞅的手中，臉色平靜的說道“此刀自孤臨世以來，就一直陪在孤的身邊，今孤先將其賜予商君，為商君推行新法開路，如有違逆者，自大將主官以下，商君自可斬之，如有大將主官阻攔，商君也可以此刀將其帶來孤之面前，孤自會為你討一個說法！”
嬴子戈輕描淡寫的說出這些話時，眾人的神色皆是微微一變，除了郭嘉依然灑脫的小酌著自己手中酒葫蘆中的美酒以外，無論是百里奚還是蒙毅的瞳孔都微微的向內縮了一下，就是一直臉色淡然無比的商鞅本人，在神色激動了之後，也是小心翼翼地抬眸去探視了一下嬴子戈的神色，思量著遲疑了一下，方才咬了咬牙，躬身恭敬的接了下來。
“謝君上恩典，鞅必然不負主公厚望！”接下這把刀的瞬間，商鞅心中微微的咯噔了一下，因為他知道，自己從現在開始是真的再也沒有了退縮後悔的權利，唯有一心一意的為嬴子戈，為大秦做好這份要事。至於最後的結局，嬴子戈畢竟不是孝公和惠王，當今之大秦也畢竟不是先秦！
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